já experimentaste desligar a bateria durante 30 s a 1 min. e ligar outra vez??
o meu fecho centralizado ás vezes faz disso, mas depois passa-lhe desligando a bateria ou fazendo abertura e fecho de portas com a chave na ignição e sem a chave ou fechando tudo manualmente e tentando re-abrir com o comando (na porta do condutor ou no porta-malas).
Eu liguei a minha a6 ao VAG-COM que comprei no ebay e tinha um erro residual que pedi para apagar.
Desde então não tive mais problemas.
Isso aparenta ser uma parvoíce eléctrica ou electrónica. de porta boqueada ou outra coisa assim, pois, se manualmente, tudo funciona como deve de ser o problema está na gestão da informação (ou falta desta) entre as chaves e o receptor central.