Não sei muito bem o comportamento dos 8P, mas nas B6 o único "problema" nos vidros eléctricos relacionado com o desligar da bateria é só mesmo o facto de depois eles não ficarem a subir em automático. Ou seja, mesmo que faças o segundo clique no botão o vidro apenas sobe em manual.
Mas este é um problema fácil de resolver: em manual, desces e sobes o vidro todo até cada uma das posições finais. Depois disto já deve funcionar em automático.
Não esquecer é que se ligares a bateria com o banco desmontado, ou pelo menos sem as fichas ligadas vai ficar a luz do airbag acesa no quadrante e só poderá ser apagada com o Vag-Com.