Boas.
Na minha a4 b6 de 2003 tive à bem pouco o mesmo problema! Segundo li algures, os comandos "desprogramaram"!
O que eu fiz foi:
1 -Abri a porta com a chave;
2 - Depois de entrar dentro do carro e fechar a porta, ligas a ignição (não necessitas de a colocar a trabalhar, basta aparecerem as luzes) e voltas a desligar;
3 - Sais fora do carro, colocas a chave na porta para fechar, sendo que, antes de rodar para fechar com a chave mantens primido o botão do comando para fechar! Carregas, rodas a chave e voilá...
Na minha a4 funcionou...
Experimenta e vê s esta é a solução!
Abraço