Espero que o negócio tenha de facto valido a pena, um carro parado estraga-se tanto ou mais como se estivesse em circulação. Há vários tópicos sobre este motor e os seus prós e contras no fórum. Resumidamente é um motor que não tolera maus tratos, a manutenção deve ser feita a tempo e horas e com material adequado.
Tudo o que descreveste parece-me perfeitamente lógico, tendo em conta a imobilização, excepto talvez essa bomba para os travões, que não sei o que será?
De resto pneus, escovas, alternador, apoio do motor, parece-me relativamente normal. O apoio esteve a levar com óleo, então estragou-se. Se essa fuga ainda não está identificada, deve ser resolvida, senão vai dar cabo do apoio novo.
O carro é bom e o motor também. O problema aí é o desgaste dos componentes devido à imobilização. Se ainda não mudaste a distribuição, eu aconselho a fazê-lo (sim, vai doer), porque as borrachas vão ficando ressequidas com o passar dos anos.
O ruído que mencionas ser da transmissão, se calhar será mesmo. Mais uma vez é a mesma situação, são peças em borracha que vão perdendo as suas propriedades com o tempo.
Verifica os tubos da água, os flexíveis dos travões, tudo o que sejam componentes em borracha.
E boa sorte com o bicho!