Caro Thiago,
aconteceu-me uma vez algo parecido, ou seja, após chuvada intensa, vi água no tapete do lado do passageiro. No meu caso era o orifício de drenagem entupido por baixo da bateria. É uma peça de borracha que parece um funil. A água subiu e entrou pelo filtro do ar condicionado. No teu caso, pode também estar a entrar pela junção entre a chapa e caixa de plástico onde se coloca o filtro. Aquilo tem um vedante tipo esponja que pode já não estar nas melhores condições. Desmonta esta caixa e verifica. Se o vedante estiver em mau estado retira-o e coloca um cordão de mastique para colar vidros (preto) que funciona.
Espero ter ajudado,
Cumps.