Disso não tenho a certeza, e também não me parece fazer sentido, até porque tens no vagcom algures o parâmetro de caixa que penso ser possível alterar. E mesmo que não necessário, penso que o quadrante faz a descodificação de caixa para sugerir e indicar a mudança em marcha no CB.
E a centralina de motor, em nada deve se importar com a caixa ser de 5 ou 6. Se existe para uma e outra, só se for pelo software do motor para optimizar consumos e potências.