As tecnologias de comunicação entre modulos de um A6 C5 (mesmo de 2003) é mais antiga que um A4 B6 de 2001.
Existem modulos de um que são diagnosticados via K-line (K1 sem problema com cabos / versões mais recentes)
Existem outros (ex: nos B6 modulos de regulação xenon , sensores parq, sensores int alarme, radio, etc) cujo diagnostico é feito via L-Line (K2) e que nos cabos mais recentes não entram nesses modulos.
Dai a dedução que talvez na A6 C5 o modulo 46 e / 35 sejam diagnosticados via L-line e não dê com os cabos mais recentes.
Mais que isto só se falares com quem te vendeu o cabo a quem deves pedir os devidos esclarecimentos, até porque seguramente os modulos estão a funcionar bem, senão não tinhas abertura de fechos portas e vidros a correctamente operacionais.