Eu não sou nenhum expert, mas tenho um A6 C5 de 2002 com 570.000 Km o que obriga a mais atenção para continuar a fazer Km e não gastar demasiado dinheiro sugiro que tente separar os problemas porque acho que são distintos.
Primeiro, resolva o que é fácil e barato. Compre e instale o sensor de temperatura do líquido de refrigeração. Custa uns 10€ mais mão de obra e fica a saber se os ventiladores trabalham porque a temperatura é excessiva (o que pode danificar o motor) ou se é outro problema.
Faça um scan com o VAGCOM para perceber que avarias existem e apague-as todas. ponha o carro a trabalhar uns minutos e, depois, faça um segundo scan para perceber quais as que permanecem. Isto demora 30 minutos a fazer. Se comprar um cabo VAGCOM, (eu comprei um por 30€ no OLX ) pode fazê-lo em casa e fica com uma ferramenta útil para o futuro. Se fosse do Alentejo eu podia fazê-lo. Coloque no forum o relatório das avarias (2º scan) que o pessoal ajuda a identificar e ajuda a encontrar solução. Repare que se entra em "Safe mode", não deve ser por não aquecer o habitáculo, tem que ter outro problema.
Esclareça a questão da EGR. Há pessoal que coloca uma "junta cega" que tapa o tubo de entrada na EGR, o que impede que os gases de escape passem pela EGR. Há motores em que isto é suficiente, outros exigem que se faça também a anulação electrónica da válvula, o que pode ser feito com o cabo VAGCOM. Se está a dar avaria da EGR significa (acho eu) que não foi anulada devidamente. Também pode dar-se o caso de ela estar activa mas estar avariada ou suja.
Quanto aos ventiladores do sistema de refrigeração, se eles entram em funcionamento com a temperatura baixa ou normal, deverá existir algum problema neles ou no módulo de controle ou em algum sensor. Se o sensor de temperatura der a informação (errada ou correcta) ao módulo de controle (ECU?) que a temperatura é superior a XºC o módulo dá indicação para as ventoinhas arrancarem para baixar essa temperatura.
O funcionamento do aquecimento do habitáculo depende de 1) se o ar é empurrado para dentro do habitáculo (verificar se o ventilador funciona e se as comportas, ou flaps abrem correctamente) 2 ) se o ar passa pelo permutador ou radiador e 3)se a água quente do sistema de refrigeração do motor passa pelo permutador.
Para testar a circulação da água: Com o motor frio ligá-lo e ligar também o AC na posição de aquecimento (ou a sofagem) e com um termómetro ou com a mão ir controlando a temperatura do bloco, do tubo de entrada no radiador e dos tubos de entrada e de saída no permutador de calor. Estes tubos entram para dentro do habitáculo. Primeiro aquece o bloco, a partir de certa temperatura, cerca de 90º C, aquece o tubo de entrada no radiador significando que o termostato abriu (se abrir), depois aquece o tubo de entrada no permutador (que vai para dentro do habitáculo), depois o de saída (que vem do habitáculo). Se este tubo aquecer bastante significa que a áqua passa pelo permutador e a falta de ar quente terá outros motivos.